ABRomics is an online community-driven platform to scale up and improve surveillance and research on antibiotic resistance from a One Health perspective.
Loading
ABRomics is an online community-driven platform to scale up and improve surveillance and research on antibiotic resistance from a One Health perspective.
To meet the ambitious objectives of ABRomics, we have formed a consortium of 45 teams belonging to the main French research organizations. These teams bring together all the expertise required to build this platform. It covers the diversity of ABR research in clinical and fundamental fields, mathematical modeling methods and the whole range of expertise in computer science, bioinformatics, database and computer architecture.
Plateforme BioPark d’Archamps
Correspondant : Philippe Bulet
Tutelles: Association Plateforme BioPark d’Archamps, Université Grenoble Alpes, CNRS, Inserm
Expertises: Proteomics/peptidomics, Metabolomics, Microbiology, Bioactive peptides
Tool(s): MOSAR-Def
Plateforme ProGénoMix
UMR0496
Correspondant : Christophe Junot
Autres Membres :
Tutelles: CEA, INRAE, Université Paris-Saclay
Expertises: Protéomique microbienne, Métaprotéomique, Protéogénomique, Intégration multiomiques, Protéotypage, Pathogènes
Method(s)/paper(s): Phylopeptidomics ; Multiplex prototyping
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques :
Pseudomonas spp & Acinetobacter spp
Correspondant : Katy Jeannot
Tutelles : Santé Publique France, CHU de Besançon
Expertises : Mécanismes de résistance aux antibiotiques chez les souches de Pseudomonas et de Acinetobacter
Centre National de Référence des Campylobacters et des Hélicobacters
Correspondant : Philippe Lehoue
Autre Membre : Quentin Jehanne
Tutelles: Santé Publique France, CHU de Bordeaux
Expertises: Campylobacters, Helicobacters
Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Correspondant : Alexis Groppi
Autre membre : Macha Nikolski
Tutelle : Université de Bordeaux
Expertises : bioinformatics, bacterial genome annotation, machine-learning for antibiotic resistance prediction
Projet: ARSENAL
Génétique Génomique Biotechnologies
Biomedicine and Integrative Genetics & Genomics
UMR 1078
Correspondant : Geneviève Héry-Arnaud
Autres Membres : Lourdes Velo Suarez
Tutelles : INSERM, CHU Brest, UBO, EFS
Expertises : lung microbiome, lung resistome, multi omics
Tool(s): Resistome analysis; EasyOTU
Plateforme Auvergne Bioinformatique
Correspondant : Nadia Goué
Autre Membre : Antoine Mahul
Tutelles : Université Clermont Auvergne (UCA)
Expertises : genome annotation, metagenomics
Tool : Galaxy
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques
Entérobactéries non productrices de carbapénèmes (Clermont-Ferrand)
Correspondants : Aurélien Birer, Richard Bonnet
Tutelles : Santé Publique France, CHU de Clermont-Ferrand
Expertise : Résistance des Entérobactéries
Microbial annotation and comparative analysis platform
Correspondant : David Vallenet
Autre Membre : Alexandra Calteau
Tutelles: CEA, CNRS, Univ. Paris Saclay
Expertises: Genome annotation, (meta)Pangenome, Comparative genomics, Bacterial metabolism
Tools : PPanGGOLIN, PanGBank
Institut de Chimie des Substances Naturelles
Correspondant : Bogdan Iorga
Tutelles : CNRS, Université Paris-Saclay
Expertises : beta-lactamases, antibiotic resistance, machine learning, bacterial bioinformatics
Tools : BLDB (Beta-Lactamase DataBase)
INRAE research unit of Excellence in Microbiome Analysis
Correspondant : Nicolas Pons
Autres Membres : Emmanuelle Le Chatelier, Florian Plaza-Onate, Guillaume Gautreau, Matthieu Almeida
Tutelles: INRAE, Univ. Paris Saclay
Expertises: Microbiotia, Quantitative and Functional metagenomics, Microbiome data integration
Migale Bioinformatics Facility
Correspondant : Hélène Chiapello
Membres : Valentin Loux
Tutelles : INRAE
Expertises : Bioinformatique, Biostatistiques, Génomique, Métagénomique, Formation
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques
Entérobactéries productrices de carbapénèmes (Le Kremlin-Bicêtre)
Correspondant : Thierry Naas
Autres Membres : Agnès Jousset, Laurent Dortet, Rémy Bonnin,
Tutelles: Santé Publique France, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris
Expertises: Mécanismes de résistance aux carbapénèmes chez les Entérobactéries
Biological Resources Center of the Institut Pasteur
Correspondant : Sylvain Brisse
Autre Membre : Federica Palma
Tutelle : Institut Pasteur
Expertises : strain taxonomy and nomenclature, MLST, cgMLST
Tool: BIGSdb-Pasteur
Ecologie et Evolution de la Résistance aux Antibiotiques
Correspondant : Phillipe Glaser
Tutelle: Institut Pasteur
Expertises: Bactériologie, résistance aux antibiotiques, génomique, évolution, ecologie microbienne
Project(s): PPR Seq2Diag ; DYASPEO ; PRE-EMPT
Epidémiologie et Modélisation de la résistance aux antibiotiques
Correspondant : Lulla Opatowski
Tutelles : Institut Pasteur, Inserm, Université de Versailles Saint Quentin en Yvelines (UVSQ), Paris Saclay
Expertises : Antibiotic resistance, epidemiology, infectious diseases, mathematical modeling, health databases, cohorts, biostatistics
Project(s) : SARAH
Microbial Evolutionary Genomics
Correspondant : Eduardo Rocha
Tutelles: Institut Pasteur, CNRS
Expertises: Molecular evolution, Genomics, Phylogenomics, Microbiology
Tool(s): MacSyFinder ; IntegronFinder ; Panacota ; SatelliteFinder
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Correspondants : Fabien Mareuil, Hervé Ménager
Tutelle(s) : Institut Pasteur
Expertises : Génomique comparative, Phylogénie, Modélisation et IA, Analyse de données multi-omiques, Développement de bases de données, WF Galaxy, Intégration Web
Infection, Antimicrobials, Modelling, Evolution
Correspondant : Etienne Ruppé
Tutelles : INSERM, Université de Paris Cité, Université Sorbonne Paris Nord
Expertises : Antimicrobial treatments, Antimicrobial Resistance, Emerging Infectious Diseases, Microbiota, Virulence, Evolution, Clinical Investigation, Modelling, Clinical Epidemiology, Longitudinal data, Biostatistics, Medico-economics, Decision Support Systems
Institut Français de Bioinformatique
UAR 3601
Correspondant : Claudine Médigue
Autres Membres : Christophe Blanchet, Jacques van Helden, Nicole Charrière, Sylvain Milanesi
Tutelles : CNRS, INRAE, Inserm, CEA
Expertises : Cluster and Cloud technologies, Galaxy WF, Open Science, FAIR data, Multi-omics data integration
Tool(s): usegalaxy ; BioMAJ ; FAIRchecker
Laboratory of Computational and Quantitative Biology
Correspondant : Laurent Jacob
Tutelles : Sorbonne Université, CNRS
Expertises : Genomics, Bioinformatics, Machine Learning
Département Médicaments et Technologies pour la Santé
Correspondant : Christophe Junot
Tutelles : CEA, INRAE / Université Paris-Saclay
Expertises : Protéogénomique, Métabolomique, Méta-omiques, Multi-omiques, Tests rapides de détection de bactéries antibiorésistantes
Plateforme de Bioinformatique et Biostatistique de Lille
Membres : Jérémy Vandel, Pierre Péricard
Tutelles : Université de Lille, CNRS, Inserm, CHU de Lille, Institut Pasteur de Lille
Expertises : Bioinformatics, Biostatistics, Omics integration, Machine Learning, NGS analysis, analysis workflow
Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques
Correspondant : Olivier Barraud
Tutelles : Inserm, Université de Limoges, CHU Limoges
Expertises : Résistance aux antibiotiques, Résistance aux antiviraux, Intégrons, CMV, Recherche translationnelle, One Health, Microbiote pulmonaire
Project(s) : Projets en cours
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
Correspondant : Charles Coluzzi
Autres Membres : Mylène Hugoni, Samuel Venner, Sylvie Nazaret
Tutelles : Université Lyon 1, CNRS, VetAgro Sup, HCL, INRIA
Expertises : Modeling (dynamic of mobile genetic elements), Eco-epidemiolgy, Genomics, Comparative genomics, Bioinformatics, Biostatistics, Machine Learning
Institut des Sciences Analytiques
Correspondant : Jérôme Lemoine
Tutelles : CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1
Expertises : Analyse de systèmes complexes
Tool(s)/project(s): Multi-Dimensions pour les Mélanges Complexes (MDMC); Surface et Miniaturisation pour la Recherche Analytique et la Technologie (SMART); Approches THéoriques et EXpérimentales des Interactions Moléculaires (ATHEXIM)
Centre Internationale de Recherche en Infectiologie
Correspondant : Xavier Charpentier
Tutelles: INSERM, Université Claude Bernard Lyon1, CNRS, Ecole Normale Supérieure de Lyon
Expertises: Approche intégrative des maladies staphylococciques, de la paillasse au lit du malade et inversement, pour comprendre l’occurrence, les mécanismes pathogéniques et la résistance aux antimicrobiens
Project(s): STAPATH projects
Centre National de Référence des Staphylocoques
Correspondants : François Vandenesch, Frédéric Laurent
Tutelles : Santé Publique France, Hospices Civils de Lyon
Expertises : Expertise, Conseil, Surveillance épidémiologie et alerte dans le champ des maladies à Staphylocoque
Antibiorésistance et Virulence Bactériennes
Correspondant : Jean-Yves Madec
Autre Membre : Agnese Lupo
Tutelle(s): ANSES, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1)
Expertises: bioinformatics, bacterial genome annotation, machine-learning for antibiotic resistance prediction antibiotic resistance, molecular epidemiology, phylogenomics
Tool(s): ARSENAL
Membranes et Cibles Thérapeutiques
UMR MD1 U 1261
Correspondant : Jean-Marie Page
Autres Membres : Anne Davin, Jean-Michel Brunel, Jean-Michel Bolla, Véronique Sinou
Tutelles : Inserm, AMU, Ministère de la Défense
Expertises : Membrane bactérienne, Transporters membranaires, Résistance aux antibiotiques, Pharmacochimie des antibactériens
Tool(s)/papers(s) : BAC-SCREEN ; Commun Biol. 2022 ; Nat. Rev Microbiol. 2020 ; Nat. Protocol 2018 ; Nat. Microbiol. 2017
DIversity – Adaptation – DEvelopment of plants
Correspondant : François Sabot
Autre Membre : Pierre Larmande
Tutelles : IRD, Université de Montpellier, CIRAD
Expertises : Pangenomics, Diversity, Data analysis, Evolution
Maladies Infectieuses et Vecteurs :
Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle
Correspondant : Anne-Laure Bañuls
Autres Membres : Mallorie Hide, Sylvain Godreuil, Marion Vittecoq
Tutelles: IRD, CNRS, Université de Montpellier
Expertises : Ecologie et évolution de la résistance aux antibiotiques: Emergences, Virulence, Résistances, Interactions; Prévention & Contrôle des Maladies Infectieuses et des Vecteurs
Tool(s)/project(s) : BAARGIN (Bacterial Assembly and Antimicrobial Resistance Genes detection In Nextflow) ; LMI DRISA (Laboratoire Mixte International “Drug Resistance in South East Asia”) ; NEMESIS ; VECTOPLASTIC ; Projet CIRCUS ; ARCAHE (ANTIBIOTIC RESISTANCE AT THE HUMAN/ANIMAL/ENVIRONMENT INTERFACE IN A “ONE-HEALTH” APPROACH IN CAMBODIA)
MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation
Montpellier, Sète et Palavas-les-Flots
Membres : Jean-Christophe Auguet, Thierry Bouvier
Tutelles: IRD, IFREMER, Univ. Montpellier, CNRS, INRAE
Expertises: Biodiversité marine, Conservation, Pêche et aquaculture durable, changement climatique, Risques émergents
MARBEC est répartie sur 3 sites : Montpellier, Palavas les flots et Sète
Project(s): NEMESIS ; VECTOPLASTIC ; ExPLOI
Institut des Sciences de l’Evolution Montpellier
Aquaculture, Biodiversité, Santé
Correspondants : Marine Combes, Rodolphe Gozlan
Tutelles : IRD, CIRAD
Expertises : Ecologie des maladies infectieuses aquatiques, Biodiversité-santé, Antibiorésistance, Sécurité alimentaire, OneHealth
Project(s) : BCOMING ; AFRICAM Cambodge ; EPICOV (Environmental ePIdemiology of COVID-19 in French Guiana) ; PRIME (PRedicting the ecological niche of human pathogens Infectious strains as a key determinant of infectious disease eMErgence) ; AquaCAM (Aquaculture in Cambodia: Sustainability and Risk Prevention)
HydroSciences Montpellier
Membres : Estelle Jumas-Bilak, Fabien Aujoulat, Patricia Licznar-Fajardo
Tutelles: Université de Montpellier, IRD, CNRS
Expertises: Water microbiology, Antibiotic resistance, Genomics
Dynamique des génomes et Adaptation Microbienne
Correspondant : Nathalie Leblond-Bourget
Autres Membres : Gérard Guedon, Sophie Payot-Lacroix
Tutelles : Université de Lorraine, INRAE
Expertises : mobile genetic elements (ICEs, IMEs), antibiotic resistance, comparative genomics
Tool(s) : ICEscreen
Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes
Équipe Combinatoire et Bioinformatique
Correspondant : Samuel Chaffon
Autre Membre : Alban Gaignard
Tutelles : CNRS, Nantes Université, Centrale Nantes, IMT Atlantique, Inria
Expertises: comparative genomics, metagenomics, ecological networks, metabolic modeling, (eco)systems biology
Tools: MiBiOmics ; microSysMics ; MAGNETO
Center for Research in Transplantation and Translational Immunology
UMR 1064
Team 6: Host-pathogens interactions, inflammation and mucosal immunity
Correspondant : Antoine Roquilly
Tutelle : Nantes Université
Expertises : Host pathogen interaction, Hospital acquired pneumonia, Hoste response, Immunology, Microbiome, scRNA-seq, Epigenetics
Plateforme Bioinformatics Research and Development
Correspondant : Audrey Bihoué
Tutelles : INSERM, Nantes Université
Expertises : transcriptomics, metagenomics, system biology, knowledge graphs, ontologies, FAIR principles
Tool(s) : MAGNETO; MiBiOmics; FAIR Checker
Plasticité Génomique Biodiversité Antibiorésistance
Infectiologie et Santé Publique
UMR 1282
Correspondant : Benoît Doublet
Autres Membres : Maxime Branget, Sébastien Leclercq
Tutelles : INRAE, Université de Tours
Expertises : Antimicrobial resistance of Gram-negative bacteria, Mobile genetic elements, Plasmids, Horizontal Gene Transfer
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques
Entérocoques résistants à la vancomycine (Rennes)
Correspondant : Vincent Cattoir
Tutelles: Santé Publique France, CHU de Rennes
Expertises: Entérocoques résistants à la vancomycine, Résistance des entérocoques.
BIoinformatique et Génomique Est
Correspondant : Julien Seiler
Tutelles : CNRS, Inserm, Université de Strasbourg
Expertises : Infra cloud et cluster, Analyses omiques, Assemblage de génomes (bactéries, levures, plantes), Protéomique, Applications en génomique des levures, biologie végétale et dans les maladies génétiques rares.
Tool(s) : PipeAlign2
